劳动年检分三个阶段进行：
一是准备阶段：研究年检内容，准备年检表格和资料；
二是自查阶段：用人单位领取年检资料，积极进行自查自纠，并按要求提供本单位遵守有关劳动法律，法规的情况；
三是审查阶段：劳动监察机构认真审查各单位的年险资料，并分别情况进行处理。
年检的方式主要是：（1）组织发动。通过发文件或广播、报纸、电视台公告的形式，通知各用人单位到劳动监察机构领取《劳动年检手册》，要求各用人单位按照手册上的内容，对照劳动法律、法规规定，认真开展自查，发现问题自行整改，并在此基础上如实填写和报送《劳动年检手册》。（2）劳动监察机构对用人单位报送的《劳动年检手册》进行审核。在审核时，主要采取查阅用人单位工资发放表、职工花名册、劳动合同书、招收农村等外来劳动力手续和证卡、社会保险费用缴纳凭证、内部劳动管理制度等方式进行，如有不够清楚的内容，还可询问用人单位负责人，派监察员到用人单位实地调查，以便全面掌握用人单位遵守劳动法律、法规的基本情况。（3）搞好综合评价。公正、准确地对用人单位遵守劳动法律、法规情况作出评价，是做好劳动年检的重要环节。在对用人单位提供的材料进行分析、比较时，不仅要注意听取劳动部门内部相关业务部门的意见，有的还要听取其主管单位劳资部门的意见，从而力求客观、公正地作出综合评价。无明显违反劳动法律、法规、规章的，颁发《劳动年检合格证》；对有违法行为的，下达《劳动监察指令书》，责令限期改正，经整改后重新审核合格的，再发给《劳动年检合格证》；对逾期不改的，依照劳动法律、法规规定予以处罚。